Точно не из-за командира, во всех случаях была Миранда. И как я помню, не важно кого поддержать, они мирятся в любом случае, просто очки ренегата/героя получаешь, но вполне возможно, что именно из-за Легиона.

Идеальная команда по первым двум частям: Кроган(Рекс/Грюнт) с дробовиком, Гаррус со снайперской винтовкой.
В третей части уже не так :( бегал с Лиарой и Гаррусом

Или если прошел её не вовремя. Там важное значение имеет сколько миссий после нападения на Нормандию ты еще играешь, если пройти более одной, то погибает часть или весь экипаж и тот чью миссию лояльности ты проходил после нападения.
Я проходил миссию со старым жнецом - получаем Легиона, потом прошел миссии Тали и миссию Легиона, в результате Тали погибла из всего похищенного экипажа выжила только врач, Чаквас, если не путаю.
Потом почитал на форумах, мол если проходить все в хронологическом порядке, то последний напарник - Легион, а его миссия на лояльность не влияет на время. Таким образом можно не потерять никого и вернуть весь свой экипаж.