Дело в том, что изначально концовка должна была быть другой - с завязкой на ту самую темную материю, аномальное нарастание которой исследовала Тали Зора во второй части...
И выбор должен был быть куда трагичнее:

Позволить жнецам завершить жатву, поглотив все знания нынешней цивилизации и попытаться в последний раз, (так как времени не осталось) найти способ противодействия коллапсу темной материи... Тем самым спасти галактику и будущие расы ценой гибели нынешней цивилизации....

Либо уничтожить жнецов, надеясь что за несколько оставшихся тысячелетий разумные сами найдут решение, несмотря на то, что сверхразвитые машины, располагавшие знаниями всех предшествовавших нынешней цивилизаций, сделать этого не смогли... Спасти цивилизацию, на время, возможно тем самым обрекая на гибель всю галактику...

Но сюжет выкрали и выложили в сети. Тогда разрабы просто переписали концовку. Наспех. Даже не напрягаясь. Дескать жнецы просто защищают живых от машин, которые бы их обязательно истребили (ага, защищают... поглощая... чем это собственно от уничтожения теми же машинами отличается...) И теперь надо выбрать окончательное решение проблемы:

1. Красный. Все машины в галактике будут уничтожены...
Вы серьезно? И что по вашему сделают люди, которые даже не в курсе с чего это все отрубилось? - Да просто поменяют плату и включат обратно! Собственно единовременное уничтожение машин априори не может быть решением проблемы - жнецы их каждый цикл истребляли - не помогло...

2. Зеленый. Люди и машины сольются воедино.
Вот круто - все стали киборгами. И что дальше? Вместо конфликта человек - робот, получаем конфликт киборг - робот. И нет, то что роботам добавили биологические клетки ничего не меняет - искусственный интеллект, это просто программа, информация - платформа для него глубоко вторична и использовать он будет наиболее эффективную... а зараженную ненужной органикой просто утилизирует заменив новой...

3. Синяя. Все жнецы заменяются сознанием Шепарда.
Предполагается что теперь именно ваш протагонист будет защищать людей от машин, по средствам более совершенных машин - жнецов... При этом, что бы разумные не создали слишком совершенных машин их уровень развития надо как то тормозить (например жатвой) И что будет делать Шепард, неясно... Да и сама идея отдать судьбу всех разумных в галактике в руки, к примеру, расиста психопата (или содомита зоофила) как бы доставляет...

Вот и выходит, что "малолетний пиздюк" там совсем не случайно - такие варианты только ребенок и мог предложить... И вот сидишь ты и думаешь "На фига я на этот бред время потратил?"

Так что, причина ненависти в том, что вместо финала трилогии - завершения длинной истории на которую люди потратили кучу времени, в которую втянулись, в которую поверили, персонажам которой сопереживали, на которую пытались влиять своими поступками и решениями, которой ждали... вместо нее нам дали сказку для самых маленьких...
Поверить в неё просто не выходит... Ну не может искусственный интеллект быть таким идиотом - он же не восьми битный в конце концов... Впрочем "восьми битными" разработчики видимо считали самих игроков - дескать и так схавают...