Ну, с зелёной концовкой там все немного сложнее (особенно, с её расширенной версией). Там же не просто машины пропитались живыми тканями, а живые схемами. Там всё живое было пересобрано через схемы машинные (даже листья с дорожками были), а все машины... Тоже были сделаны такими же, что позволило установить связь между всем живым и всеми машинами (своего рода, галактический блютуз). Подозреваю, что деревья с листьями-дорожками стали исполнять роль банков данных.)
Ну, скажем честно, она тоже тупая, концовка Карпишина. Менее тупая, но тупая.

СПОЙЛЕР

Ай-яй-яй, эффект массы погубит Голактеку. Ай-яй-яй, пара миллионов слабых псиоников, управляющих гравитацией взорвут все звезды, надо их всех выпилить и повторять, пока очередное поколение цивилизаций не откажется от межзвездных полетов и прочих использований эффекта массы. Ой-ой-ой, давайте для этого построим систему межзвездных коммуникаций на эффекте массы и огромный флот Жнецов с двигателями на эффекте массы!

СПОЙЛЕР
Ну, если выбрать красную концовку, то в конце намек на то, что Шепард выжил. Но я за Синтез и концовку с выжившим кораблем.)
Линейной эволюцией.)
Ну, раз дед то ты, видать, из Протеан.) Ибо давно дела эти были.
Ну, не факт, что умер. Возможно, стал волновой функцией.) Судя по тому, что в одной из концовок произошло слияние всего живого и синтетического в усредненные формы жизни/машинного существования, нужен был разум, который бы непосредственно управлял выбором форм слияния. Для случайного процесса слишком успешно все прошло.

P.S. Вращал вашу "оригинальную концовку". Она, с точки зрения физики, даже хуже имеющихся. Я за зелёную концовку. Всем бессмертие и роботехнологии в тело.
Полагаю, проблема в отсутствии понимания физики ВСЕМИ участниками спора, лично Дрю и Биоварами.

Темная энергия/материя - это чисто теоретическая шняга, которая используется в уравнениях для указания на материю, которая присутствует (судя по гравитационным эффектам и взаимодействию космических объектов), но не обнаружена наблюдением. Т.е., часть массы галактики (или, в общем смысле - Вселенной), которая не наблюдается телескопами, например. Какая к чертям отрицательная гравитация?
Грешницой не напугаешь кастера. Эти идиотские прыжки дают кучу времени на рекогносцировку и истребление Еретиков.
В красном выживает Шепард. Это не сурово.) А вот распылить себя и превратить все живое и неживое в полумашины с дикой регенерацией и связью - это офигенно.)