Ну, при наличии ретрансляторов - не принципиально, в какую сторону вылетать. По миссии с батарианцами про уничтожение ретранслятора, если я правильно помню детали, можно сделать вывод, что Жнецы всей группой вылетели из одной точки и готовили вторжение через местный ретранслятор, который в ходе миссии был уничтожен, что дополнительно их задержало.

Цифра про 50000 - условная. Они ждали сигнала, чтобы "проснуться" (для этого нужны были системы слежения за развитием цивилизаций и шпионы). Следовательно они получили сигнал и после этого начали вторжение. На что ушло несколько лет.

И как далеко они улетают в "темный космос между галактиками"? Прям до середины, чтобы оказаться ровно между нашей и какой-нибудь другой (зачем?) или просто отлетают на достаточное расстояние, чтобы их не было заметно, но при этом совершенно незначительное для перемещения в сторону соседней и там ждут? И что мешает им, кстати, если они зачем-то улетают далеко (чего они не делают), заполонить условно весь темный космос и атаковать каждую галактику кроме времени существования вселенной (про которое в Лоре нет ни слова)?

По динамике их наступления в третьей части видно, что они так же как и все перемещаются между ретрансляторами, а на системы наступают, честно летя между ними месяцы. Из глубокого сна они возвращались несколько лет. Можно примерно посчитать, на какое же расстояние они отлетели от галактики. Вероятно ты недооцениваешь расстояние до соседних галактик. Погугли. Лор вполне связный.

По лору перемещение между галактиками невозможно (бессмысленно-долгое). На дальние расстояния перемещаются при помощи ретранслятора. Чтобы построить ретранслятор сначала нужно долететь до искомой точки по-честному.