В том что Некроны во-первых КСЕНО машины, Во вторых, по мнению Адепта Механикус носители Изуверского Интелекта, а со времён Темнейшей Ночи люди к ИИ относятся так: Анегилировать без всяких вопросов и попыток изучить... Нет, конечно есть радикалы типа Ксеноритов, но в основном политика техножречества, Инквизиции и прочих ответственных структур это сжечь подобные артефакты до доатомарного состояния и ещё немного дольше; во избежание возрождения местного Скайнета/Легиона так сказать.
Кортане повезло, что Космодесантник из Храмовника, а не из Железных Рук или иных ассоциированных с Механикусами, или её и Чифа он уже бы пытался выпилить с воплями "СГИНЬ, ИЗУВЕРСКИЙ ИНТЕЛЛЕКТ!!!" и соответствующими литаниями на техно лингвисте.